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Au plus proche de la vie… et de la pathologie

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Le département Sciences biologiques et médicales incarne une dynamique où la recherche fondamentale dialogue en permanence avec la recherche clinique. Rencontre avec Thierry Noël et Katia Boniface à la tête d’un département résolument engagé au service de sa communauté et du progrès scientifique.

Photo : Thierry Noël et Katia Boniface sont à la tête du département de recherche Sciences biologiques et médicales © Gautier Dufau
Thierry Noël et Katia Boniface sont à la tête du département de recherche Sciences biologiques et médicales © Gautier Dufau

Des pathologies infectieuses aux maladies immunitaires ou liées à des dysfonctionnements physiologiques (génétiques, métaboliques, cardiovasculaires…) en passant par le cancer, le département Sciences biologiques et médicales (SBM) couvre un large spectre au sein de ses six unités de recherche. Mais ce qui le caractérise avant tout, c’est l’interaction constante entre recherche fondamentale et recherche appliquée. « Nos travaux trouvent des applications en clinique et inversement, les échantillons de patients nourrissent la recherche fondamentale. Nous sommes donc très proches de la vraie vie et de la pathologie ! », présente Thierry Noël, directeur du département et professeur en microbiologie au sein du laboratoire Microbiologie fondamentale et pathogénicité (MFP)1. « Beaucoup de nos équipes de recherche sont adossées à des services du CHU, ce qui permet ces allers-retours continus entre clinique et laboratoire, au bénéfice de la recherche comme des patients. »

Au-delà de cette proximité avec la clinique, le département SBM s’appuie également sur des innovations technologiques majeures. Katia Boniface, directrice adjointe du département et professeure en innovations thérapeutiques au sein de l’unité ImmunoConcEpT2, souligne l’importance des infrastructures qui soutiennent ces avancées. « Nous disposons de l’unité d’appui et de recherche TBMCore, une plateforme clé regroupant 11 infrastructures technologiques, et du Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBIB). Ces ressources nous permettent de rester à la pointe des innovations et de mener une recherche compétitive. » Pour soutenir cette dynamique, le département SBM alloue une part importante de son budget d’animation scientifique à l’amorçage technologique en espérant que le développement sera payant, permettant aux équipes de proposer des projets plus ambitieux et d’obtenir des financements plus importants.

Investir dans l’avenir

Les appels d’offres du département vise notamment à soutenir les plateformes et les plateaux techniques, précisent les deux enseignants-chercheurs. Il s’articule principalement autour de la formation et des jeunes chercheurs. « Une partie est dédiée aux doctorants. Ce sont eux qui soumettent directement leurs projets, dans une logique de formation », explique Katia Boniface. Ce sont des « petits » budgets de 3000 euros mais qui permettent d’engager des travaux concrets sur une plateforme.

Les doctorants semblent apprécier cette opportunité. « En soutenant le développement technologique et la formation des jeunes chercheurs, le département investit clairement dans l’avenir » résume Thierry Noël.
Un volet similaire a été mis en place cette année pour les personnels BIATSS et ITA3, qu’ils soient statutaires ou contractuels. « Si les ingénieurs de recherche peuvent parfois répondre à des appels à projets nationaux, cela reste plus difficile pour d’autres profils, comme les assistants ingénieurs, techniciens ou ingénieurs d’études. Ce dispositif leur offre ainsi une nouvelle possibilité de concrétiser leurs projets », observe la directrice-adjointe.

Département SBM © Gautier DUFAU
Département SBM © Gautier DUFAU

Soutien des plateformes, des doctorants, des personnels… « C’est la politique d’inclusivité du département : associer chacun à sa dynamique pour que tout le monde puisse y prendre part », tient à souligner Thierry Noël. « Notre département est souvent perçu comme particulièrement dynamique, un dynamisme porté par l’implication de plus de 80 personnels – qu’ils siègent ou non au conseil – dans des actions d’animation, via les groupes de travail mis en place », poursuit Katia Boniface.
En effet, journée du département, battles d’éloquence par le groupe des jeunes chercheurs du département – SBM’s Young, groupe de qualité de vie au travail… sont autant d’actions qui y sont organisées. « Elles permettent de rassembler l’ensemble des communautés, et l’on commence à percevoir un sentiment d’appartenance au département SBM – un sentiment qui n’existait pas forcément au départ » indique son directeur. Ce sentiment se retrouve aussi dans le cadre des actions autour du développement durable portées par un « groupe dynamique » du département, avec une volonté affirmée de traduire les engagements en actes concrets. Parmi les projets en cours : la mise en place d’un magasin de consignation, prévue au plus tard début 2026, qui permettra de réduire le nombre de livraisons et donc le bilan carbone lié aux achats, aujourd’hui identifiés comme le principal poste d’émission dans les activités de recherche. Le département soutient aussi la réduction de l’usage du plastique en laboratoire et son recyclage, ainsi que le déploiement progressif de bilans carbone dans les unités, à l’initiative de l’Institut de biochimie et génétique cellulaires (IBGC)1, qui réalise cet exercice depuis plusieurs années. Au-delà de ces mesures structurelles, la sensibilisation occupe également une place importante. « Nous avons de nombreux animateurs de fresques au sein du département – fresque du climat, fresque numérique, et plus récemment fresque de l’eau, relève Katia Boniface. Ces outils rencontrent un vrai écho et contribuent à faire évoluer les pratiques collectives. »

Un accompagnement des communautés

Depuis sa création, le département de recherche Sciences biologiques et médicales remplit un rôle multiple, à la fois interface, animateur et facilitateur. « Les maîtres-mots sont inclusion, innovation et interdisciplinarité, insiste son directeur. Nous voulons que notre science émerge, et nous sommes convaincus que l’innovation passe par l’interdisciplinarité. » Cette interdisciplinarité s’exprime d’abord au sein des unités elles-mêmes, qui restent libres de définir leurs objectifs. « Le rôle du département n’est pas d’imposer une logique interdisciplinaire, mais de soutenir la structuration des communautés », rappelle Katia Boniface. Une fois ces communautés en place, les dynamiques de collaboration et les projets de recherche se construisent à partir des ambitions portées par leurs membres. Aujourd’hui, plusieurs communautés scientifiques structurées ou en cours d’émergence bénéficient de ce soutien. La communauté Oncosphère autour du cancer, devenue visible au niveau régional, en est un exemple emblématique. Deux nouvelles communautés prennent forme : la microbiologie, désormais active dans le grand Sud-Ouest, et le métabolisme, portée par plusieurs unités autour de ce mot-clé transversal. Le département accompagne aussi la dynamique chimie-biologie, en lien étroit avec le département Sciences et technologies pour la santé (STS) et l’Institut européen de chimie et biologie (IECB), et soutient activement la montée en puissance de la communauté vieillissement, intrinsèquement interdisciplinaire, avec une place importante donnée aux Sciences humaines et sociales (SHS). Car l’interdisciplinarité ne se cantonne pas aux sciences biomédicales : elle s’ouvre aussi aux humanités. « Nous travaillons bien sûr avec les départements proches de SBM comme STS, Bordeaux Neurocampus ou Santé publique, mais cela n’exclut en rien les SHS », précise Thierry Noël. « Lorsqu’on mène des recherches sur des échantillons humains, les sciences humaines et sociales peuvent nous éclairer sur le sens et les conditions de ces recherches. » Une spécificité de SBM est d’ailleurs la présence, au sein de l’une de ses unités ImmunoConcEpT, d’une équipe de philosophes des sciences.

La communauté SBM lors de la 2e édition
La communauté SBM lors de la 2e édition "La recherche vous ouvre ses portes" le 16 novembre 2024 © SBM

Des défis technologiques à relever

Regarder plus petit, plus loin, plus précisément : les ambitions technologiques du département SBM s’inscrivent dans une volonté constante de repousser les limites de l’observation. « Aujourd’hui, nous pouvons visualiser des agencements moléculaires au niveau cellulaire ou protéique. Mais il faut aller encore plus loin », commente Thierry Noël. La transcriptomique spatiale, par exemple - qui montre cellule par cellule quels gènes s’expriment et à quel endroit - est une technologie émergente que le département souhaiterait voir développée à l’échelle de l’établissement.
Mais ces progrès soulèvent aussi une réflexion stratégique sur les politiques d’investissement. Les plateformes académiques peuvent être en pointe au départ, mais dès qu’une technologie devient mature, elle est souvent reprise par le secteur privé qui peut proposer les mêmes services à moindre coût. Ce constat pose la question de la pérennité et du positionnement des structures publiques dans le domaine de l’innovation technologique. Autre enjeu majeur pour le département SBM : la gestion des données. Entre les images issues des plateformes d’imagerie, très gourmandes en ressources numériques, et les données dites omiques (génomiques, transcriptomiques, concernant les gènes, protéomiques pour les protéines, etc.), les volumes explosent. Et la recherche clinique génèrera, elle aussi, une masse croissante de données individuelles pour la médecine personnalisée. « Il faut pouvoir les stocker, les trier, les rendre accessibles. En tant que biologistes, nous manquons encore d’outils bio-informatiques simples. L’IA pourrait devenir une alliée pour exploiter ces volumes », estime Thierry Noël.

Une recherche vivante, engagée et ouverte vers la société

S’il fallait un indicateur fort de la vitalité de la recherche sur le campus, la pandémie Covid-19 l’a fourni. « Cette crise sanitaire a été un révélateur de la capacité d’adaptation et de mobilisation des équipes de recherche et des ressources. Cette période a montré, qu’au sein de l’établissement, des équipes pouvaient réorienter leur recherche du jour au lendemain pour répondre à une menace biologique de nature pandémique — avec, il faut le dire, beaucoup d’efficacité » rappelle le directeur du département. Pour l’avenir, ce dernier plaide pour un rapport renouvelé à la science et à son public. « Il ne s’agit pas de simplifier à outrance mais d’adopter une posture plus horizontale, d’accepter la discussion, la nuance, et parfois même la controverse. La verticalité du savoir est mal perçue aujourd’hui. » Un message partagé par Katia Boniface, qui veut voir dans la dynamique actuelle une source d’optimisme. « Je crois qu’on progresse, qu’il y a une vraie transmission de l’information. » En témoigne le succès des journées La recherche vous ouvre ses portes organisées par la communauté SBM à destination du grand public, dont les deux premières éditions ont réuni en moyenne 700 participants sur une journée. Une « belle énergie » soulignée par les deux enseignants-chercheurs très enthousiastes également sur leur mission au sein du département.

1 unité CNRS et université de Bordeaux
2 Immunologie conceptuelle, expérimentale et translationnelle – unité CNRS, Inserm et université de Bordeaux
3personnels non enseignants et chercheurs : Bibliothécaires, ingénieurs, administratifs, techniciens, sociaux et de santé (BIATSS dans les universités) et Ingénieurs et techniciens de l’administration (ITA des organismes de recherche)

 

Contacts

  • Hande Sena Kandemir

    Chargée de communication du département SBM

    hande-sena.kandemir%40u-bordeaux.fr

  • Mélina Abdou

    Chargée d'animation scientifique en appui au département SBM

    melina.abdou%40u-bordeaux.fr

  • Delphine Charles

    Chargée de communication scientifique
    Direction de la communication

    delphine.charles%40u-bordeaux.fr

  • Sciences biologiques et médicales

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