Chercheur post-doctoral en bio-informatique F/H

Employeur

L’Université de Bordeaux est une grande université dynamique, responsable, attentive au bien-être de ses personnels. La rejoindre, c’est travailler dans un cadre privilégié au sein d’une communauté professionnelle particulièrement diverse et ouverte, en bénéficiant de dispositifs d’accueil et d’inclusion, de formation et de mobilité interne. C’est participer à une aventure académique, scientifique et humaine. C’est s’engager à relever les défis du XXIe siècle.

Rejoignez le Centre de Résonance Magnétique des Systèmes Biologiques (CRMSB) – de l’Université de Bordeaux ! Le CRMSB développe des thématiques de recherche autour de l’IRM et de ses applications en biologie et santé. Le laboratoire se situe à l’interface des Sciences de l’Ingénieur et des Sci ences Biologiques.

Dans le cadre du projet ABCardionostics, financé par l’Union Européenne, nous recrutons un Chercheur Post-Doctoral F/H en biologie des anticorps et bio-informatique.

L’objectif de ce projet est de trouver une solution révolutionnaire pour améliorer le diagnostic et le traitement. Notre approche utilise des anticorps entièrement humains, développés à partir de recherches de pointe, pour détecter et traiter l’athérosclérose. En ciblant des cellules immunitaires spécifiques impliquées dans la maladie, nous visons à arrêter sa progression et même à inverser ses effets. Il implique 8 partenaires : l’Université de Bordeaux, le CNRS, l’Institut Polytechnique de Bordeaux, le Centro Nacional de Sûreté Cardiovasculaire CARLOS III, BIOTEM, MAbSilico, Pie Medical Imaging, l’Université de Maastricht.

Votre mission

Votre mission consistera à prendre en charge des analyses des séquences NGS des anticorps humains (HuAb) anti-Mo/MP (monocyte/macrophage) ou de l’analyse in silico des gènes VH-VL principaux en collaboration avec MabSilico et IMGT.

Le but est d’identifier parmi des millions de séquences celles qui ont été sélectionnées au cours de cycles successifs de phage display. Les validations biologiques corroboreront davantage les analyses bio-informatiques. La force de ces sélections physiologiques sans connaissance de la cible est d’obtenir un aperçu des biomarqueurs pertinents ciblés in vivo. Ces biomarqueurs seront identifiés grâce à des analyses protéomiques et IPA (Ingenuity Pathway Analysis) ou R des protéines exprimées différemment dans les sous-ensembles de Mo/MP coupables par rapport à ceux protecteurs.

# Analyses bio-informatiques : analyses de séquence de HuAb issues de sélections de phage display in vivo/in vitro

·   avec un doctorant vous analysez les séquences NGS et identifiez l’occurrence des séquences de Sanger dans toute la banque de séquences NGS

·      avec un doctorant vous identifiez de pistes thérapeutiques par tri FACS sur les sous-ensembles Mo/MP coupables. Vous analysez les séquences NGS et identifiez l’occurrence des séquences de Sanger dans toute la banque de séquences NGS

·       Vous comparerez les séquences obtenues par séquençage de Sanger pour :

o   valider que les anticorps sélectionnés biologiquement se trouvent bien dans les données de NGS, confirmant leur spécificité pour les biomarqueurs surexprimés dans la plaque d’athérosclérose

o   confirmer que cette sélection reflète avec précision la reconnaissance des biomarqueurs ciblés.

·       les analyses in silico permettent d’identifier des clonotypes d’anticorps spécifiques aux populations cellulaires étudiées, en détectant les séquences VH-VL combinées les plus fréquentes ou les séquences VH ou VL individuelles dans les données du NGS, indicatives d’une signature de sélection moléculaire.

# Identification des biomarqueurs pertinents de la pathologie

·       Vous identifiez des cibles moléculaires des têtes HuAb par des analyses protéomiques afin d’identifier les protéines exprimées différemment dans les sous-ensembles de Mo/MP coupables par rapport aux sous-ensembles protecteurs

·       Vous effectuez des analyses de voies avec le logiciel Ingenuity Pathway Analysis (ou d’autres logiciels tels que KEGG, STRING) pour l’identification de biomarqueurs pertinents

Ces biomarqueurs

-          guideront la prédiction des cibles HuAbs' par des méthodes computationnelles (logiciels MabSelect et MabTarget IA développés par MabSilico) appliquées à nos données de séquençage HuAb NGS

-          seront utilisés pour la construction de biopuces à l’Institut de biotechnologie de TOULOUSE pour la validation de la cible.

Vos atouts / Vos talents

Titulaire d’un Doctorat en Sciences biologiques ou bio-informatiques, vous avez une première expérience réussie en analyse NGS ou protéomique.

·       Vous êtes organisé, méthodique et rigoureux

·       Vous faites preuve de capacités à travailler en équipe et à prendre des initiatives

·       Vous maîtrisez la programmation sur Python et/ou R, le versionnage Git et l’utilisation de NextFlow

·       Vous connaissez également les biostatistiques et avez une facilité à vous approprier de nouveaux outils informatiques

·       Vous maîtrisez l’anglais (oral, écrit) dans un contexte de travail multiculturel (niVeau C1/B2)

Vous vous reconnaissez ? Postulez-vite !Une ouverture internationale est essentielle pour la réalisation de ce projet. Au sein du consortium sont réunis des personnes reconnues pour leur expertise dans :

-          l’athérosclérose, étude des macrophages et mise en œuvre de modèles et l’imagerie de modèles animaux précis

-          l’ingénierie des formats d’anticorps originaux

-          l’identification in silico de la cible des anticorps via l’intelligence artificielle

Basé à Bordeaux - accès tram A (arrêt « Hôpital Pellegrin ») bus, vélo.

 CDD de 24 mois

Salaire mensuel brut : 2750 €

Avantages liés au poste :

50 jours de congés annuels dès la première année

Prise en charge à 75% de l’abonnement aux transports en commun de Gironde

Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois

Restauration subventionnée

Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels 

Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail

Parcours d’accueil et formations

Processus de recrutement : après la période de publication de l’annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.

Pour être complète, votre candidature doit comporter votre CV, une lettre de motivation (2 pages max), une liste de vos publications, lettre(s) de recommandation et coordonnées de vos précédents superviseurs.

Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !