Séquençage haut-débit et applications

Informations

Langue d'enseignement : Français
Crédits ECTS: 3

Programme

  • Heures d'enseignement dispensées à l'étudiant : 25 heures
  • Temps de travail personnel : 50 heures

Objectifs et compétences

Objectifs :
Cette UE comprendra deux parties très imbriquées pour fournir aux étudiants les fondements nécessaires à la production et exploitation de données NGS.

Partie 1 : Acquérir les concepts et méthodologies de séquençage haut débit (Nouvelles générations de séquençage, NGS).

- Savoir intégrer l'impact des stratégies NGS dans la conception d'un projet scientifique avec l'objectif de pouvoir aborder des questions scientifiques très variées,

- Comprendre les technologies de production de données NGS (visite de la plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux),

Partie 2 : Acquérir les méthodologies de traitement de données NGS.

- Savoir concevoir une analyse bioinformatique dans un environnement tel que Galaxy

- Maitriser les outils classiques de traitement des données NGS (allant de l'analyse qualité des lectures à leur exploitation)

Compétences :
  • Etre capable de travailler en équipe
  • Etre capable de communiquer des résultats à l'écrit et à l'oral en français et en anglais

  • Faire preuve de capacités de recherche d'informations, d'analyse et de synthèse.
  • Rechercher, analyser, exploiter des informations (dossiers internes, information ouverte, bases de données, articles scientifiques, réglementation, etc.).
  • Faire preuve de déontologie dans la production de documents scientifiques : citer ses sources, éviter le plagiat, respecter une charte graphique sommaire
  • Concevoir un projet de recherche (ou R&D) en tenant compte du contexte et des objectifs, construire une argumentation, réaliser le programme expérimental, interpréter les résultats, élaborer une synthèse et proposer des perspectives

  • Mettre en oeuvre et réaliser en autonomie une démarche expérimentale, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux, apprécier les limites de validité du modèle, identifier les sources d’erreur.
  • Connaître les principes et les limites des méthodes et outils d'analyses globales en biologie

  • Etre en capacité de stocker, gérer, extraire et indexer de l'information

Organisation pédagogique

le mode de fonctionnement de l'UE est présenté au début des enseignements

Contrôle des connaissances

épreuves écrites de cours, contrôle continu exploitant les QCM de la plateforme MOODLE et/ou compte

rendu

Lectures recommandées

l'ensemble des références bibliographiques est communiqué au début des enseignements

Responsable de l'unité d'enseignement

Pascal Sirand-Pugnet

Enseignants

la composition de l'ensemble de l'équipe pédagogique est communiquée au début des enseignements