Post-Doctorant Calcul Scientifique et Programmation F/H

Mise à jour le :

  • Corps : Post-Doctorant
  • Branche d'activité ou discipline : BAP E : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
  • Lieu de travail : Talence
  • Type de contrat : CDD
  • Structure(s) : Département Sciences et Technologies pour la Santé
  • Détail de l'affectation(s) :

    IHU Liryc

  • Date limite de candidature :
  • Date de prise en fonction :
  • Durée : 12 mois
  • Quotité de travail : 100%

Personne de contact

Camille SZMULEWSKI

Description de l'offre

Vous aimez coder et souhaitez participer à votre échelle à la recherche cardiaque ?

 

 

Rejoignez l’IHU Liryc – L’Institut de Rythmologie et modélisation Cardiaque – de l’Université de Bordeaux !

 

L'IHU LIRYC est un institut de renommée mondiale, spécialisé dans la recherche et le traitement des maladies du rythme cardiaque. Ses 4 missions sont : la recherche, l'innovation, la formation et le soin.

 

Vous travaillerez dans le cadre du projet européen MICROCARD, qui vise à construire un logiciel capable, grâce à l'utilisation des futurs supercalculateurs exaflopiques, de simuler le comportement électrique d'un cœur entier modélisé cellule par cellule. Le maillage détaillé du tissu cardiaque requis par ce projet aura une taille sans précédents, en définitive de l’ordre de 1012 éléments. Pour créer ce type de maillages, il faut développer des puissants logiciels de génération de maillage en parallèle.

Ce projet est financé par EuroHPC à travers de l'appel Towards Extreme Scale Technologies and Applications.

Dans ce contexte, nous recherchons un∙e Post-Doctorant∙e sur le sujet « Discrétisation d’isovaleur et adaptation de maillage parallèle sur architecture hybride ».

Description des missions

Le logiciel open-source ParMmg, fondé sur des appels itératifs du remailleur séquentiel Mmg sur des sous-maillages, permet d’adapter un maillage via un algorithme distribué utilisant la norme MPI.

La mission principale consiste en la réécriture de l’algorithme sous forme d’un graphe de tâches et du couplage de ParMmg avec l’ordonnanceur de tâches StarPU.

Cela permettra au logiciel d’utiliser de façon efficiente les paradigmes de parallélisation hybride et les nouvelles architectures hétérogènes.

Compétences attendues

Diplômé∙e d’un Doctorat, vous êtes spécialisé(e) en calcul haute performance, parallélisation et optimisation de code. Des connaissances basiques sur les maillages seraient appréciées.

 

-          Calcul scientifique : connaissances de base en mécanique numérique et/ou géométrie algorithmique

-          Programmation : connaissance du langage C et de la norme MPI (requis), connaissance de l’ordonnanceur de tâches StarPU vivement souhaitée

-          Outils classiques de développement : Git, CMake/CTest, Jenkins, gdb…

-          Maitrise de l’environnement Linux

-          Anglais courant, capacité de rédaction et de travailler en autonomie

Modalités de candidature

CV et lettre de motivation à envoyer à : candidature@u-bordeaux.fr

ou via le bouton "Postuler"

Rémunération

Salaire mensuel brut : entre 2500€ et 2800€ brut selon profil et expérience

50 jours de congés par an

Participation forfaitaire à la mutuelle

Prise en charge à 50% de l’abonnement aux transports en commun

Télétravail partiel autorisé selon la charte en vigueur

Informations complémentaires

En rejoignant le LIRYC, vous travaillerez dans un cadre unique multidisciplinaire qui permet une relation directe entre la recherche fondamentale et les applications cliniques. En outre, l’expertise de l’équipe clinique en électrophysiologie mondialement reconnue confère à l’institut une position de premier plan au niveau mondial dans la caractérisation de ces dysfonctions électriques du cœur.

 

Basé à l’Inria Bordeaux, dans des locaux neufs et innovants - accès tram B (Arts et Métiers) bus, vélo -

Talence